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La facciata principale è del tipo a capanna semplice ed è caratterizzata dalla presenza di elementi decorativi in rilievo riconducibili alla tradizione romanica, fra i quali il protiro, ovvero il piccolo portico monocuspidato che si erge al centro del prospetto a proteggere e valorizzare il portale lapideo alto circa cinque metri e costituito da tre fasce digradanti.

Le colonne laterali originarie risultano oggi mancanti, essendo state trafugate e disperse nel corso del secolo scorso. Analoga sorte è toccata ai capitelli che le sormontavano, descritti dalle fonti antecedenti ai restauri degli anni Settanta come decorati con motivi fitomorfi costituiti da foglie di acanto e frutti penduli; fortunatamente i capitelli sono stati recuperati e solo recentemente ritornati in possesso della Parrocchia di Santa Maria delle Grazie.

Nella parte superiore della facciata si colloca il rosone centrale, rielaborato ex novo durante gli interventi di restauro, in sostituzione dell'elemento originario fortemente degradato.

La parete laterale posta a nord è caratterizzata da due ampie arcate a tutto sesto che originariamente mettevano in comunicazione l'ambiente interno con gli spazi laterali, dei quali oggi sono ancora visibili alcuni resti murari. Le arcate impostano su un pulvino lapideo posto al di sopra di una colonna scanalata e rudentata di probabile origine romana con ordine dorico.

La parete posta a sud presenta caratteristiche analoghe a quelle riscontrabili sul lato settentrionale, ma i ruderi degli originari ambienti laterali esterni risultano inglobati in strutture edilizie più tarde, probabilmente riconducibili a locali adibiti a sacrestia o a spazi destinati all'alloggio della comunità monastica.

I pulvini sono cinque in tutto: quattro presentano croci monogrammate con le iniziali XP, ovvero Cristo in greco, e palmette laterali di mediocre manifattura; il quinto presenta invece una croce monogrammata inscritta in un cerchio.

Il lato orientale della chiesa è concluso da un'abside semicircolare che, nella sua configurazione originaria, era illuminata da tre monofore. Nel corso delle successive trasformazioni, due aperture vennero completamente tamponate, mentre quella centrale subì un significativo ridimensionamento.

Varcata la soglia d'ingresso, si accede all'ambiente interno mediante quattro gradini, modificati nel corso delle fasi storiche. Lo spazio è scandito da grossi pilastri che sorreggono arcate ogivali bicrome, caratterizzate dall'alternanza cromatica dei conci lapidei.

Questa articolazione strutturale definisce una navata centrale affiancata da due navatelle laterali, conferendo all'interno un'organizzazione spaziale armoniosa e ben proporzionata.

La porzione terminale delle pareti laterali è caratterizzata dalla presenza delle arcate con colonne di spoglio già descritte nell'analisi delle strutture esterne. È questa la zona corrispondente alla parte più antica della chiesa, ovvero l'area absidale che risalirebbe al VI secolo circa.

La parete di fondo accoglie la struttura semicircolare interessata da interventi di restauro e, al di sopra, la muratura è alleggerita dalla presenza di una piccola monofora che favorisce l'ingresso della luce naturale e accentua la sobrietà dello spazio sacro.

La configurazione originaria della copertura lignea, che esternamente presenta un tetto a spioventi caratterizzato da tegole e coppi in terracotta, è ancora oggetto di dibattito. Una prima interpretazione ritiene che la chiesa fosse dotata sin dalla fase iniziale di una copertura a capriate lignee; una seconda ipotesi suggerisce invece la presenza di una cupola in corrispondenza della campata presbiteriale.

Le lesioni e il dissesto dell'area absidale potrebbero derivare sia dal carico di una struttura cupolata, sia dall'abbattimento degli ambienti laterali originari ai quali si accedeva attraverso il transetto. Una lettura più organica tende però a imputare la rotazione della parte absidale alla copiosa infiltrazione di acque nelle retrostanti cisterne, favorita dalla natura calcarenitica limo-sabbiosa del terreno.

Le esigue tracce ancora visibili consentono di ipotizzare la presenza originaria di un ricco apparato decorativo lungo le pareti laterali. Del ciclo pittorico si conservano oggi solo limitati lacerti, soprattutto a causa dello stato di abbandono e della lunga esposizione dell'edificio agli agenti atmosferici dovuta alla prolungata assenza di copertura.

La parte meglio conservata è la parete posta a nord, dove sono ancora leggibili alcuni dettagli di particolare interesse: la ricchezza dell'abito della figura posta a destra, con dettagli che sembrano includere fili di perle, e una figura animale dalla forma serpentiforme. Potrebbe trattarsi di un serpente o di un drago, forse associato alla raffigurazione di un arcangelo o di San Giorgio, ma lo stato di conservazione non consente interpretazioni certe.

La parete posta a sud risulta invece in uno stato di conservazione peggiore e presenta numerose lacune. È tuttavia possibile distinguere, dall'entrata fino all'abside, la figura di un santo, forse un vescovo a giudicare dal bordo dell'abito, e una seconda figura rivestita di una veste con motivi geometrici a losanghe.